Politeknik Cilacap membuka Pendaftaran Mahasiswa Baru Angkatan ke 2 Tahun Ajaran 2009/2010. Pendaftaran bisa dilakukan dengan datang langsung ke Politeknik Cilacap, atau dengan mendaftar secara online di http://www.cilacapedu.com/politeknikcilacap. Pendaftaran dibagi menjadi 3 Gelombang yang waktunya akan ditetapkan kemudian.
Daya tampung Angkatan ke 2 diperkirakan 200 orang yang dibagi menjadi 3 jurusan yaitu:
Teknik Informatika
Teknik Mesin
Teknik Elektro
Politeknik Cilacap menerapkan sistem 70 praktik dan 30 teori dan diharapkan bahwa lulusan Politeknik Cilacap benar-benar siap kerja. Saat ini, tempat kuliah Angkatan Pertama bertempat di SMK Negeri 1 dan SMK Negeri 2.